1.中華民國一百零三年三月五日行政院農業委員會農漁字第 1031332616
  號令訂定發布全文 20 條；並自發布日施行。但第18、19條條文，自發
  布後三個月施行
2.中華民國一百零三年五月五日行政院農業委員會農漁字第 1031333908A
  號令修正發布第 20 條條文；並自發布日施行。但第 18、19 條，自一
  百零三年五月五日施行
3.中華民國一百零四年三月三十日行政院農業委員會農漁字第10413335174A
  號令修正發布第 14、15、18、20 條條文及第2條附圖；並自發布日施行。
  但中華民國一百零三年三月五日訂定之第 18、19 條，自一百零三年五月
  五日施行
4.中華民國一百零七年四月十八日行政院農業委員會農漁字第 1071333786 
  號令修正發布第 14 條 、第 18 條
5.中華民國一百零八年六月十日行政院農業委員會農漁字第 1081334959 
  號令修正發布第 9 條、第 14 條
6.中華民國111年8月18日行政院農業委員會農漁字第1111335211號令修正
   發布全文16條，名稱並修正為「鮪延繩釣漁船赴台日漁業協議適用海域
   作業管理辦法」。
   中華民國一百十二年七月二十七日行政院院臺規字第1125014346號公告
   第5條序文、第6條、第9條第4項、第5項、第6項所列屬「行政院農業委
   員會」之權責事項，自一百十二年八月一日起改由「農業部」管轄；第9
   條第2項、第4項所列屬「行政院農業委員會漁業署漁業監控中心」之權
   責事項，自一百十二年八月一日起改由「農業部漁業署漁業監控中心」管
   轄