1.中華民國八十九年九月六日行政院農業委員會（八九）農漁字第 89134
  0618  號令訂定發布全文 5  條；並自九十年一月一日起施行
2.中華民國九十一年十月三十一日行政院農業委員會農授漁字第 0911340
  859 號令修正發布全文 6 條及其名稱；並自九十一年一月一日施行（原
  名稱：「漁港管理費收費類目及費率標準」）
3.中華民國九十四年二月二十三日行政院農業委員會農授漁字第 0941340
  153 號令修正發布全文 6  條；並自九十三年四月九日施行
4.中華民國九十五年八月二十一日行政院農業委員會農漁字第 095134084
  3 號令修正發布全文 4  條；並自發布日施行
5.中華民國九十七年十二月十二日行政院農業委員會農漁字第 097129561
  0 號令修正發布第 2 條條文
6.中華民國 112 年 6 月 16 日行政院農業委員會農漁字第 1121315142 號令
   修正發布全文4條；並自發布日施行
   中華民國一百十二年七月二十七日行政院院臺規字第1125014346號公告第
   2條第1項第2款、第3款、第2項、第3條所列屬「行政院農業委員會」之權
   責事項，自一百十二年八月一日起改由「農業部」管轄