1.中華民國七十八年十一月十七日行政院農業委員會（78）農漁字第 804
  0367A 號令訂定發布全文 15 條
2.中華民國七十九年十二月二十四日行政院農業委員會（79）農漁字第 9
  040585A 號令修正發布第 4、13、14 條條文；並增訂第 3-1 條條文
3.中華民國八十年十二月二十四日行政院農業委員會（80）農漁字第 004
  0650A 號令修正發布全文 18 條及其名稱(原名稱：「臺灣地區漁船漁業
  證照核發及管理準則」)
4.中華民國八十一年九月三十日行政院農業委員會（81）農漁字第 10407
  99A 號令修正發布全文 22 條
5.中華民國八十四年四月二十八日行政院農業委員會（84）農漁字第 404
  0367A 號令修正發布全文 31 條及其名稱（原名稱：「漁船漁業證照核發
  準則」）
6.中華民國八十六年一月三十一日行政院農業委員會（86）農漁字第 860
  40026A  號令修正發布第 22 條條文；並增訂第 21-1 條條文
7.中華民國八十六年二月二十七日行政院農業委員會（86）農漁字第 860
  40096A  號令修正發布第 26 條條文
8.中華民國八十七年一月六日行政院農業委員會（87）農漁字第 8604085
  3 號令修正發布第 4、11、14、15、18、26  條條文
9.中華民國八十八年十一月二十四日行政院農業委員會（88）農漁字第 8
  8670098 號令修正發布第 30  條條文
10. 中華民國八十九年十月十八日行政院農業委員會（89）農漁字第 891
    321449  號令修正發布第 11、12、14、15、18、26 條條文；並刪除
    第 22、23 條條文
11. 中華民國九十年九月二十八日行政院農業委員會（90）農漁字第 901
    321600  號令修正發布第 26 條條文；並增訂第 26-1、26-2 條條文
12. 中華民國九十一年六月二十八日行政院農業委員會農授漁字第 09113
    20977 號令修正發布第 12 條條文
13. 中華民國九十二年六月三十日行政院農業委員會農授漁字第 0921321
    090 號令修正發布第 18、26-2 條條文；並刪除第 28 條條文
14. 中華民國九十四年六月二十九日行政院農業委員會農授漁字第 09413
    31395 號令修正發布第 3、16、26  條條文；並增訂第 26-3 條條文
15. 中華民國九十六年三月二十一日行政院農業委員會農授漁字第 09613
    20588 號令修正發布全文 33 條；並自發布日施行
16. 中華民國九十七年五月二十二日行政院農業委員會農授漁字第 09713
    21101 號令修正發布第 3、15、23、27  條條文；增訂第 15-1、15-
    2 條條文；並刪除第 28 條條文  
17. 中華民國九十八年十二月二十一日行政院農業委員會農漁字第 09813
    33641 號令修正發布第 2、4、14 條條文
18. 中華民國一百年十二月二日行政院農業委員會農漁字第 1001331820 
    號令修正發布第 15-2 條條文
19. 中華民國一百零一年四月二十四日行政院農業委員會農漁字第 10113
    21306 號令修正發布第 14 條條文
20. 中華民國一百零一年七月十三日行政院農業委員會農漁字第 1011322
    598 號令修正發布第 14 條條文；並增訂第 15-3 條條文
21. 中華民國一百零三年二月二十七日行政院農業委員會農漁字第 10313
    32760 號令修正發布第 15-2 條條文
22. 中華民國一百零五年一月十三日行政院農業委員會農漁字第 1041338
    511F 號令修正發布第 27 條條文
23. 中華民國一百零六年一月五日行政院農業委員會農漁字第 105132924
    1A 號令修正第 3、10、19、20、22、24、32 條條文；並增訂第 25-1
    條條文
24. 中華民國一百零七年十二月十一日行政院農業委員會農漁字第 10713
    29528A 號令修正第 27、29、29-1 條條文
25.中華民國一百零八年六月六日行政院農業委員會農漁字第 1081327320A
   號修正發布部分條文
26.中華民國 109 年 1 月 15 日行政院農業委員會農漁字第1081329899A號
   令修正發布第 4 條
27.中華民國 109 年 12 月 14 日行政院農業委員會農漁字第 1091328927A 
     號令修正發布第 10 條、第 14 條、第 15 條之 4、第 15 條之 5、第 15 
     條之 6、第 16 條至第 18 條、第 22 條、第 25 條之 2
28.中華民國 111 年 1 月 27 日行政院農業委員會農漁字第 1111332148 號
     令修正發布第 17 條
29.中華民國112年7月5日行政院農業委員會農漁字第1121325196號令修正
     發布第15條之2、15之6、17、19、26條
     中華民國一百十二年七月二十七日行政院院臺規字第1125014346號公告
     第3條第4款第2目、第3目、第4條第1項第3款、第7款、第2項序文、第5
     條第1項、第1款、第2款、第2項、第8條第2項、第12條第1項第2款、第
     2項、第3項、第13條第2項、第15條之4第2項、第15條之5第2項、第17
     條第4項序文、第20條第4款、第22條第2項、第23條第2項、第25條之1
     、第26條第2項、第27條第1項第1款、第3款、第4款、第3項、第29條第
     2項、第29條之1、第32條第1項所列屬「行政院農業委員會」之權責事項
     ，自一百十二年八月一日起改由「農業部」管轄
30.中華民國112年9月27日農業部農漁字第1121327353號令修正發布第22條