1.中華民國九十五年四月七日行政院農業委員會農防字第 0951472318 號
  令訂定發布全文 17 條
2.中華民國一百零二年三月八日行政院農業委員會農防字第1021472587號
　令修正發布全文 18 條
3.中華民國一百零五年一月六日行政院農業委員會農防字第1041474359號
　令修正發布第 3、13 條條文
4.中華民國一百零五年七月二十五日行政院農業委員會農防字第10514720
　59號令修正發布第 7、8、10 條條文；刪除第 14 條條文
5.中華民國一百零六年一月二十四日行政院農業委員會農防字第 1061470
  654A 號令修正發布名稱及第 2、4、5、12、13 條條文；刪除第 3 條
  條文；並自發布日施行（原名稱：犬貓及偶蹄類動物進出澎湖地區檢查
  規則）
6.中華民國一百零七年六月二十九日行政院農業委員會農防字第 1071471
　793A 號令修正發布第 5、7 條條文
  中華民國一百十二年七月二十七日行政院院臺規字第 1125014346 號公
  告第 2 條第 2 項、第 16 條所列屬「行政院農業委員會」之權責事項
  ，自一百十二年八月一日起改由「農業部」管轄；第 4 條、第 8 條、
  第 9 條第 2 項、第 13 條所列屬「行政院農業委員會動植物防疫檢疫
  局臺中分局澎湖檢疫站」之權責事項，自一百十二年八月一日起改由「
  農業部動植物防疫檢疫署臺中分署澎湖檢疫站」管轄