1.中華民國 87 年 9 月 7 日行政院（87）台孝授三字第 07461  號令訂
  定發布全文 10 條；並自發布日施行
2.中華民國 89 年 2 月 29 日行政院（89）台孝授三字第 03658 號令修
  正發布全文 10 條；並自發布日施行
3.中華民國 91 年 12 月 27 日行政院院授主孝三字第 091008689號令修
  正發布全文 17 條；並自發布日施行
4.中華民國 92 年 12 月 21 日行政院院授主孝三字第 0920007995 號令
  修正發布全文 16 條及其名稱；並自發布日施行（原名稱：「農業綜合
  基金收支保管及運用辦法」）                                     
5.中華民國 93 年 11 月 19 日行政院院授主孝三字第 0930007295B號令
  修正發布全文 9  條；並自發布日施行
6.中華民國 95 年 10 月 30 日行政院院授主孝三字第 0950006310A  號
  令修正發布第 3～6 條條文
7.中華民國 100 年 3 月 18 日行政院院授主孝三字第 1000001608A  號
  令修正發布全文 14 條；並自中華民國 100 年 1 月 1 日施行
8.中華民國 105 年 2 月 5 日行政院院授主基作字第 1050200089A 號令
  修正發布第 2、3、4、5、14 條條文；並自發布日施行
  中華民國 112 年 7 月 27 日行政院院臺規字第 1125014346 號公告第 
  2 條、第 5 條第 1 項、第 6 條、第 7 條序文、第 4  款所列屬「行
  政院農業委員會」之權責事項，自 112 年 8 月 1  日起改由「農業部
  」管轄