1.中華民國 54 年 7  月 2  日總統令制定公布全文 41 條
2.中華民國 59 年 2  月 9  日總統（59）臺統（一）義字第 969  號令
  修正公布第 11、16、17、19、20、26、35、37  條條文
3.中華民國 69 年 12 月 17 日總統（69）臺統（一）義字第 7207 號令
  修正公布第 16、19、20、25 條條文
4.中華民國 80 年 8  月 2  日總統（80）華總（一）義字第 3912 號令
  修正公布第 23 條條文
5.中華民國 82 年 2  月 3  日總統（82）華總（一）義字第 0452 號令
  修正公布第 1、4、9、13、15～22、35、37～39  條；並增訂第 39-1
  條條文
6.中華民國 84 年 11 月 8  日總統（84）華總（一）義字第 8754 號令
  修正公布第 39-1 條條文
7.中華民國 89 年 5  月 17 日總統（89）華總一義字第 8900118950 號
  令修正公布全文 42 條
8.中華民國 90 年 6  月 20 日總統（90）華總一義字第 9000120780 號
  令修正公布第 4、16、17、19～22、24、25、37、39  條條文；並增訂
  第 19-1、19-2  條條文；並刪除第 39-1 條條文
9.中華民國 99 年 1  月 13 日總統華總一義字第 09900005611  號令修
  正公布第 23、37、41 條條文；並自 98 年 11 月 23 日施行
10.中華民國 99 年 4 月 30 日總統華總一義字第 09900110331  號令修
   正公布第 19-2 條條文；並增訂第 38-1、38-2 條條文
11.中華民國 101  年 1 月 30 日總統華總一義字第 10100021421  號令
   修正公布第 4～9、11、15～18、19-1、22、27、29、32～37、39  條
   條文
12.中華民國 105  年 5 月 11 日總統華總一義字第 10500040021  號令
   修正公布第 16、17、19、19-1 條條文；並增訂第 15-1 條條文
13.中華民國 107  年 1 月 31 日總統華總一義字第 10700010301  號令
   修正公布第 23、35、40 條條文
    中華民國 112 年 7 月 27 日行政院院臺規字第 1125014346 號公告
    第 4 條、第 5 條、第 6 條、第 7 條、第 8 條、第 9 條第 1  項
    、第 10 條第 6 目、第 11 條第 1 項、第 12 條第 2項、第 15 條
    第 2 項、第 15-1 條第 3 項、第 4 項、第 16 條、第 17  條第 2 
    項、第 18 條第 2 項、第 3 項、第 19-1 條第 1 項第 1 目、第 2 
    項、第 22 條、第 26 條第 1  項、第 27 條、第 29 條、第 31 條
    第 2 項、第 32 條、第 33 條第 2  項、第 34 條、第 35  條、第 
    36 條、第 37 條第 2 項、第 40 條第 2  項序文所列屬「行政院農
    業委員會」之權責事項，自 112 年 8 月 1  日起改由「農業部」管
    轄
（依據農田水利法第 34 條第 2  項規定，自農田水利法施行之日起，農
  田水利會組織通則不再適用。）