一百噸以上漁船赴三大洋從事捕撈鮪旗魚類作業應行遵守及注意事項部分規定修正規定
三、 本會因國際漁業組織限制或管理需要，於必要時，得限制三大洋海域作業漁船船數，及單船各類漁獲限額量。
四、 經核准赴三大洋作業漁船於航行或捕撈作業期間，除應遵守對外漁業合作辦法、漁船及船員在國外基地作業管理辦法、國外作業漁船或二十噸以上延繩釣漁船標識國際識別編號應行遵守及注意事項相關規定外，並應遵守下列事項：
(一) 一般管理事項
１、依核准漁區及組別水域作業，未經核准不得在非核准漁區及水域作業。
２、 漁船作業時，其漁具應明確標識包括旗幟或雷達反射浮標（Radio Reflector Buoys），以確定其作業位置及範圍。
３、不得遮蔽或塗改漁船之識別標誌。
４、船上應備妥國外基地作業證明書。
５、未經核准不得載運非自行捕撈或未經許可捕撈之漁獲物。
６、漁船應接受本會指派之觀察員隨船觀察作業及安排接運觀察員往返執行公務。
７、漁船應接受本會指派之港口檢查員進行漁船作業檢查公務。
８、漁船應與本會協調派遣之巡護船保持通訊聯絡，並接受登船檢查。
９、 漁船意外漁獲海龜、海鳥及鯨豚時，活體必須釋放，屍體必須丟棄，且須在作業情形紀錄表填報捕獲數量。同時漁船上應備有剪線器、除鉤器、手抄網等釋放意外捕獲海鳥、海龜之工具。
(二) 漁船船位管理事項
１、 監控系統應以自動非人為操作之訊息報告（Message Report），或由漁業人委託財團法人中華民國對外漁業合作發展協會（以下簡稱對外漁協）以資料報告（Data Report）方式，至少每六小時回報一次船位至對外漁協。但赴印度洋作業漁船至少應每四小時回報一次船位。監控系統回報船位所須之通訊費用，由漁業人負擔。
２、監控系統應維持全年正常運作，漁船進港時亦同。
３、漁船應備妥至少一套監控系統備品。
４、 漁船因維修需滯港時，應檢具證明文件向本會申請關閉監控系統，並經核准後，始得關機。
５、監控系統號碼有異動時，漁業人應以書面方式通知本會及對外漁協。
６、 倘監控系統故障時，漁業人應即通知船長每天自船上傳真一次全球定位系統（GPS）船位（附件二）及船上傳真機號碼至對外漁協，並以衛星導航自動紀錄器自動紀錄船位在紙帶上，以備查核。倘連續三日未收到監控系統回報之船位，視同監控系統故障。
(三) 漁獲物報表管理
１、 漁船船長應詳實且正確填寫作業情形紀錄表及漁獲速報表（附件三），漁船上並應保留完整之作業情形紀錄表影本至少十二個月。但已按日電子回報或傳真漁獲資料之漁船，得免提供漁獲速報表。
２、 漁業人應確認船長所填報電子回報漁獲資料或漁獲速報表正確無誤後，將漁獲速報表於每週二前（遇假日順延）電傳鮪魚公會，以速報上週之漁獲重量（處理後魚重，單位公斤）及尾數。鮪魚公會並應於每週五前將該資料彙整後，併同該公會上週核發單船各魚種冷凍鮪類（含旗魚類）輸日配額證明資料及各漁業人電傳鮪魚公會之原始速報資料，各船之速報彙整資料以電子檔方式報本會備查。
３、 漁業人應於每年二月十六日前繳交漁船前一年度漁獲銷售情況統計表（如附件四），及相關已銷售證明文件至本會。
４、 漁船有交付轉運魚貨到港、進港或完成魚貨轉載者，漁業人應自事實發生之日起六十日內，將作業情形紀錄表送本會備查。
５、 漁業人於完成魚貨輸銷外國通關後六十日內，應將魚貨銷售資料影本等資料送本會備查。
６、漁獲速報表及作業情形紀錄表提報後，非經本會同意不得任意修改。
７、漁船所捕獲魚貨運回國內銷售者，漁業人應依下列規定擇一辦理：
 (１) 委託商船或飛機運返國內銷售者，應依漁船及船員在國外基地作業管理辦法第十二條規定，將該批魚貨資料送經我駐外代表處驗證後，再憑向本會申請免稅證明函，並應於提貨前一週通知本會，必要時本會得配合會同海關人員進行魚貨查驗手續。
 (２) 由國籍運搬船或漁船自行運回國內銷售者，應於魚貨返台一週前，將魚貨運輸方式、該批魚貨漁獲量、捕獲時間及地點向本會申報，並應於進港日期之三日前通知本會，本會必要時得派員前往查驗。
(四) 漁獲物轉載管理
１、本會得要求漁船，不得將所捕漁獲物委託涉及洗魚之外國籍漁獲物運搬船轉載漁獲物。
２、 海上轉載或港口轉載應於轉載二十四小時前依附件五格式向本會申請許可，於本會書面同意後始可進行轉載，如需於例假日進行轉載，應提前於例假日前二十四小時提出申請，並於轉載完成後十五天內申報轉載漁獲確認書（附件六）。
３、監控系統斷訊未修復前，不得轉載。
(五) 漁業證明書管理
１、 漁船捕獲之漁獲物因銷售需要，其所屬漁業人應依相關規定，向船籍港所在地之直轄市、縣（市）政府或本會，申請相關魚種漁業證明書。
２、 漁業證明書僅供本船所捕之漁獲物銷售使用，不得提供他船使用，或本船漁獲物不得持他船所領漁業證明書銷售。
３、各洋區魚貨加工處理後魚體重轉換成全魚重之轉換係，如附件七。
４、 前一年經核准留艙漁獲物，應於次年五月三十一日前完成轉運並申請漁業證明書。長鰭鮪組漁船得專案申請延長一個月。
 (六) 大目鮪組或大目鮪兼營長鰭鮪或黃鰭鮪組漁船之單船大目鮪漁獲限額（以未處理之全魚重計）得透過鮪魚公會調整，調整限額之條件如下：
１、 大目鮪組漁船經轉讓配額後單船大目鮪限額不得超過三百三十公噸。大目鮪配額轉讓時，混獲魚種（如劍旗魚）配額需按比例一併轉讓。
２、 轉出配額漁船遇有承受該配額漁船涉及提供本船申領之漁業證明書供我國籍他船或他國籍漁船使用，或本船漁獲物持我國籍他船或他國籍漁船所領漁業證明書銷售等違規行為，該轉出配額漁船視同共同行為人。
３、漁船全年未作業者，可轉讓百分之百單船主漁獲限額。
４、 大目鮪組漁船於六月以後始能轉讓限額，大目鮪兼營長鰭鮪或黃鰭鮪組漁船於四月後始能轉讓限額。
５、承受或轉出限額漁船，須該年度無違規情節，且轉出限額漁船須符合下列情形之一：
(１) 轉出配額漁船，其主漁獲漁獲速報量在該洋區該組漁船之後百分之二十五。
(２) 累計轉出二十五公噸以上須進港停止作業，且以每月二十五公噸核計進港時間。
６、獎勵限額不得轉讓。
(七) 漁獲限額管理
１、漁業人應善盡管理之責，漁船不得超額捕撈有限額管制魚種。
２、 大目鮪組及大目鮪兼營長鰭鮪或黃鰭鮪組之單船大目鮪漁獲限額用罄時，漁船應立即停止作業進港。
３、 長鰭鮪組漁船，當單船大目鮪意外漁獲限額用罄時，倘再有意外漁獲大目鮪時，應即拋棄並將丟棄量填報於速報表。
４、 各洋區大目鮪組單船大目鮪漁獲量達單船全年大目鮪限額百分之八○且速報表累計每月單船大目鮪漁獲速報量低於十噸時，漁船應即停止作業並駛入本會指定之港口，剩餘限額由本會收回統籌分配。
５、 漁船所捕漁獲不得超過該船當年漁獲限額，倘主漁獲魚種實際卸魚量超出其單船漁獲限額未逾百分之十者，將自該船下一作業年度之單船漁獲限額扣除超出限額之超捕量；超出其單船漁獲限額逾百分之十者，將自該船下一作業年度之單船漁獲限額扣除超出限額之二倍超捕量。
６、 當年倘受進港停止作業處分者，其限額將依處分期間等比例由本會收回統籌分配，倘該年度無限額可供收回時，應從次年度限額收回。
７、 大目鮪組或大目鮪兼營長鰭鮪或黃鰭鮪組漁船之單船大目鮪漁獲限額，單船當年度該漁獲限額剩餘量超出單船漁獲限額百分之十者，自該船下一作業年度之單船漁獲限額扣除上一年度剩餘量之限額。
五、漁船應接受本會觀察員隨船作業。
(一) 觀察員任務如下：
１、查核作業漁船船長所填載（報）之資料。
２、執行本會指示蒐集資料及採取生物體標本。
３、依本會指定之時間與方式回報相關資料；遇有緊急情事，應立即回報。
４、其他經本會以書面指定與執行觀察員任務有關之事項。
(二) 作業漁船之漁業人應辦理事項如下：
１、漁業人應於漁船預定進港或出港前七日以書面通知本會。
２、依本會通知之時間及地點，接載及送返觀察員執行第一款所定之任務。
３、提供觀察員相當於幹部船員之生活照顧、醫療與待遇。
４、其他應指示作業漁船船長及船員遵行之事項。
(三) 作業漁船之船長及船員應遵行事項如下：
１、船長應參加本會辦理之航前講習。
２、於觀察員登船時，船長應向觀察員說明漁船之作息方式、安全維護及漁船設施，並將觀察員上船執行任務之事實，通報全船人員知悉。
３、每日應提供漁獲報表供觀察員查核。
４、每週應提供當週魚艙裝載魚貨記錄供觀察員查核。
５、應遵守相關作業規定，並接受觀察員指揮，丟棄及記錄不得捕撈或持有之魚種。
６、提供並協助觀察員獨立使用衛星電話、傳真機、網際網路、單邊帶無線電話（SSB）等通訊設備。
７、不得妨礙觀察員紀錄漁船航行儀器相關資訊。
８、協助觀察員蒐集指定之漁獲物及意外捕獲之生物體。
９、 提供觀察員在作業漁船上生活與執行任務所需之空間、設備與資料，並於觀察員執行任務時，為必要及充分之協助。
１０、提供適當存放觀察員執行任務所得資料與樣品之處所。
１１、為觀察任務需要，不得拒絕或妨礙觀察員就觀察任務有關事項所為詢問及作成紀錄。
１２、簽署觀察員執行任務所得之資料或所作之紀錄，如對紀錄內容有不同意見時，得附記其意見。
１３、漁船船長應確保觀察員安全，漁船遇有緊急危難時，應予特別照護及給予避難協助。
 (四) 觀察員執行第一款任務，其自台灣出發至國外港口及返回台灣之旅運費、在作業漁船上之薪資、伙食費及使用作業漁船通訊設備之通訊費用，由本會支付。其餘在作業漁船上執行公務所產生之費用，由漁業人負擔。
八、 本會為資源保育管理需要，得選定樣本船執行漁具或漁法試驗、相關報表填報及其他協助辦理事項。有關樣本船之資格、獎勵漁獲魚種及限額額度由本會另行公告。
九、 監控系統斷訊累計十五日以上者，本會得命令漁船立即停止作業，限期直航返回指定之港口，並於監控系統於測試後可正常運作者，始能再出港作業。
前項漁船返航、進港、檢查等所衍生費用，由漁業人自行負擔。
第一部監控系統故障時，提出報備，倘第二部監控系統（備品）故障時，經本會專案核准，得向他船借用監控系統備品。
十、有下列情形之一者，本會得命令該船停止作業，限期直航返回指定之港口接受檢查：
(一) 未經核准載運本船以外漁獲物，或未經核准將本船漁獲物供其他船舶載運。
(二) 涉嫌經營或涉入或支持非法、無報告、無管理漁業之情形。
(三) 我國籍漁獲物運搬船載運我國漁船違規捕撈，或不得持有之漁獲物，或載運他國漁船之漁獲物。
(四) 登錄在同一艘漁船之不同部監控系統，其回報之船位不一致者。
(五) 其他涉嫌違規作業，或漁獲量異常無法證明其來源。
前項漁船返航、進港、檢查等所衍生費用，由漁業人自行負擔。
十四、倘主漁獲魚種捕撈量超出其單船漁獲限額逾百分之十者，依漁業法第十條裁處。核處收回漁業執照之裁罰基準如下：
 (一) 超捕漁獲限額百分之十以上未滿百分之十五者，處收回漁業執照一個月，超捕漁獲限額百分之十五以上未滿百分之二十者，處收回漁業執照二個月，並以此原則類推。
 (二) 匿報漁獲相關報表，經查獲發現超捕漁獲限額者，另加處收回漁業執照一個月。
 (三) 漁船當年作業已達漁獲限額者，應立即停止作業並駛入本會指定之港口，其收回漁業執照處分應自隔年一月一日起或本會指定之日期執行，處分完畢前不得出港。