第 1 條
農業部水產試驗所（以下簡稱本所）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
第 2 條
所長綜理所務，並指揮、監督所屬人員；副所長襄助所長處理所務。
第 3 條
主任秘書權責如下：
一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
第 4 條
本所設下列組、室、中心：
一、海洋漁業組。
二、水產養殖組。
三、水產加工組。
四、技術服務組。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、淡水養殖研究中心。
十、海水養殖研究中心。
十一、沿近海漁業生物研究中心。
十二、東港養殖研究中心。
十三、東部漁業生物研究中心。
十四、澎湖漁業生物研究中心。
第 5 條
海洋漁業組掌理事項如下：
一、臺灣地區周邊海域之基礎生產力調查。
二、海洋漁業生物基因資料庫之建立。
三、環境友善漁具漁法與衛星遙測及氣象資料應用於漁場變遷之研究。
四、北部海域漁業之生物生態研究及資源動態評估。
五、試驗船之管理維護及船員之管理。
六、其他有關北部海域海洋漁業研究事項。
第 6 條
水產養殖組掌理事項如下：
一、養殖生物分子育種技術之研發。
二、養殖生物免疫及疾病檢測技術之研發。
三、養殖生物基因資料庫之建立。
四、水產養殖生物技術之開發。
五、水產養殖研究業務之聯繫及整合。
六、其他有關水產養殖研究事項。
第 7 條
水產加工組掌理事項如下：
一、水產品加工改質及保鮮利用之研究。
二、水產品保健功效評估、機能性新素材萃取技術及產品開發之研究。
三、水產品品質、衛生與安全之研究及相關檢驗服務。
四、水產資源循環再利用技術之研發。
五、水產品低溫冷鏈及品質之研究。
六、其他有關水產加工研究事項。
第 8 條
技術服務組掌理事項如下：
一、水產試驗研究計畫之研擬、訂定及管考。
二、水產技術研發成果之管理、產業輔導、創新育成及加值應用。
三、水產技術之推廣與訓練、出版品及圖書之管理。
四、國內外合作研究及技術交流之推動。
五、水產關聯資通訊及機電工程之研究。
六、其他有關技術服務及水產工程研究事項。
第 9 條
秘書室掌理事項如下：
一、研考、文書、檔案、印信典守、出納、採購、事務、財產、辦公廳舍
及工友管理。
二、國會、地方聯絡及公關業務。
三、不屬其他各組、室、中心事項。
第 10 條
人事室掌理本所人事事項。
第 11 條
政風室掌理本所政風事項。
第 12 條
主計室掌理本所歲計、會計及統計事項。
第 13 條
淡水養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟淡水魚蝦貝類遺傳資源之蒐集及種原保存。
二、經濟淡水魚蝦貝類種原培育、繁養殖技術與系統建構之研發。
三、經濟淡水魚蝦貝類環境友善養殖之研究。
四、經濟淡水魚蝦貝類飼料營養及健康管理之研究。
五、淡水觀賞水族育種及繁養殖技術之開發。
六、其他有關淡水養殖研究事項。
第 14 條
海水養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟海水魚貝介類遺傳資源之蒐集及種原保存。
二、經濟海水魚貝介類種原培育、繁養殖技術及系統建構之研發。
三、經濟海水魚貝介類環境友善養殖之研究。
四、經濟海水魚貝介類飼料營養及健康管理之研究。
五、基因改造水產生物田間試驗之研究。
六、其他有關海水養殖研究事項。
第 15 條
沿近海漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、底棲魚類、浮魚類群聚生態及資源之研究。
二、聚礁魚類生態習性及人工漁場技術之研究。
三、利用聲學技術探測漁業資源之研究。
四、西南海域漁業之生物生態研究及資源動態評估。
五、離岸風機與漁業資源競合之研究。
六、其他有關西南海域漁業研究事項。
第 16 條
東港養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟魚蝦藻類之種原蒐集及保存。
二、經濟魚蝦類之選種、育種與優質種苗量產及復育生產技術之研發。
三、經濟藻類之選種、培育、量產及復育技術之研發。
四、經濟魚蝦類飼料營養需求、飼料及餌料生物應用之研究。
五、天然物及微生物製劑在魚蝦類健康管理疾病預防之應用研究。
六、其他有關經濟魚蝦藻類繁養殖研究事項。
第 17 條
東部漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、東部海域漁業之生物生態研究及資源動態評估。
二、東部海域洄游魚類族群動態之研究。
三、東部經濟水產之生物遺傳資源蒐集、種原保存及育種技術研發。
四、東部觀賞水族育種、繁養殖技術之開發及水族生態展示館之經營管理
。
五、低溫海水相關之水產應用研究。
六、其他有關東部漁業生物研究事項。
第 18 條
澎湖漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、澎湖漁業生態及資源調查之研究。
二、澎湖經濟水產生物之繁養殖、棲地保種及復育研究。
三、澎湖經濟水產生物遺傳資源之蒐集及種原保存。
四、澎湖經濟水產生物之種原培育及繁養殖技術之研發。
五、澎湖觀賞水族繁養殖技術之研發及澎湖水族館之經營管理。
六、其他有關澎湖漁業生物研究事項。
第 19 條
本所處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。
第 20 條
本規程自中華民國一百十二年八月一日施行。